本作依舊延續了系列經典的戰旗玩法，武器分為了劍、槍、斧、弓、理、暗、光、杖八種，根據職業的特性使用的武器也會有所不同，屬性之間也是各有特點。并且游戲還可以通過GBA通信功能實現2-4人練級進行對戰，讓游玩的體驗更加豐富有趣！
1、第一個秘密商店：在第十六章奪回首都中，地圖左上角龍騎士崔司出現的地方，如下圖。
售賣商品：騎士勛章10000G、英雄之證10000G、獵戶座之箭10000G、天空之鞭10000G、指引之戒10000G、天使之衣8000G、盜賊鑰匙8000G。
2、第二個秘密商店：在第二十一章封印之劍中，在地圖最右邊由許多山圍繞著的小空地上，需要飛行單位過去如下圖。
售賣商品：騎士勛章10000G、英雄之證10000G、獵戶座之箭10000G、天空之鞭10000G、指引之戒10000G、天使之衣8000G、能量之環8000G、秘傳之書8000G、疾風之羽8000G、女神像8000G、龍盾8000G、魔法護身符8000G、體格指環8000G、靴子8000G、雷暴3000G、凈化之光3500G、月食4000G。
3、本作只有這兩個隱藏商店，所以需要購買什么在快到達的時候可以提前想好。
小貼士：下列代碼中的“xx”為使用次數，可以自己輸入該數字遵循十六進制輸入，十進制輸出。例如填寫16，16=1×16+6=22，輸出十進制結果為22，22即為游戲中金手指道具可使用次數。
1、8202ab96 xx09 神將器烈火之劍
2、8202ab96 xx0c 必殺劍
3、8202ab96 xx0f 封印之劍
4、8202ab96 xx17 神將器冰雪之槍
5、8202ab96 xx19 必殺槍
6、8202ab96 xx21 神將器天雷之斧
7、8202ab96 xx23 必殺斧
8、8202ab96 xx2b 必殺弓
9、8202ab96 xx2f 神將器疾風之弓
10、8202ab96 xx35 終末之冬
11、8202ab96 xx36 地獄業火
12、8202ab96 xx37 風刃
13、8202ab96 xx38 諾思費拉特
14、8202ab96 xx39 雷暴
15、8202ab96 xx3a 神將器業火之理
16、8202ab96 xx3c 神圣之光
17、8202ab96 xx3d 進化之光
18、8202ab96 xx3e 神將器至高之光
19、8202ab96 xx40 吸星術
20、8202ab96 xx41 月食
21、8202ab96 xx42 神將器默示之暗
22、8202ab96 xx43 回復之杖
23、8202ab96 xx44 治療之杖
24、8202ab96 xx45 痊愈之杖
25、8202ab96 xx46 治愈之杖
26、8202ab96 xx47 生命之杖
27、8202ab96 xx48 傳送杖
28、8202ab96 xx49 援救杖
29、8202ab96 xx4a 復原之杖
30、8202ab96 xx4b 沉默之杖
31、8202ab96 xx4c 睡眠之杖
32、8202ab96 xx4e 修復之杖
33、8202ab96 xx50 狂亂之杖
34、8202ab96 xx52 魔防之杖
35、8202ab96 xx53 火龍石
36、8202ab96 xx54 神龍石
37、8202ab96 xx56 密傳之書
38、8202ab96 xx57 女神像
39、8202ab96 xx58 天使之衣
40、8202ab96 xx59 龍盾
41、8202ab96 xx5a 能量之環
42、8202ab96 xx5b 疾風之羽
43、8202ab96 xx5c 魔法護身符
44、8202ab96 xx5d 靴子
45、8202ab96 xx5e 體格指環
46、8202ab96 xx5f 英雄之證（LV10以上的劍士，傭兵，戰士，山賊，海賊轉職用）
47、8202ab96 xx60 騎士勛章（LV10以上的輕騎士，重甲騎士轉職用）
48、8202ab96 xx61 獵戶座之箭 （LV10以上的弓箭手，游牧民轉職用）
49、8202ab96 xx62 天空之鞭（LV10以上的飛馬騎士，龍騎士轉職用）
50、8202ab96 xx63 指引之戒（LV10以上的僧侶，修女，神官騎士，魔道士，巫師轉職用）
1、上十種不同的職業可以去組合，每一種職業使用的武器也會根據特性有所不同，并且還能選擇不同的轉職。
2、游戲中存在著非常豐富的分支路線選擇，不同的路線將會影響可以獲得的伙伴和地圖設計，體驗更加精彩。
3、游戲中的武器和道具都有使用次數的設定，在得到強力的武器和道具之后，注意使用的時機是十分有必要的。
也許對劇情漫不經心者看到這里會認為這又是一個老套的王子復國的故事。而實際卻遠非如此簡單。當玩家深入《封印之劍》的劇情中就會發現，《封印之劍》所表述的人生觀和劇情細節堪稱紋章歷史上的革命。它拋棄了“《紋章》系列”一貫秉承的傳統善惡觀，以一種側重于理性的思考來詮釋人與自然，人與其他生物之間相輔相成，對立而又調和的關系。它第一次把“人”的概念置于與其他生物完全平等的地位。突破了日本奇幻游戲“人本位”的思想局限，開始接近于西方泛種族論的思維方式。盡管這種表現顯得未經雕琢，十分粗糙，但就其豐富的想象力與在傳統劇情上獲得突破性的成果來說，已經值得我們對其抱以贊許的笑容了。
